Mimo że statystyka wykazuje pewien wzrost połowów bałtyckich w ostatnich latach, riie należy przymykać oczu na niepokojące zjawisko wzrastającego zanieczyszczenia wód Bałtyku. Niektóre głosy w tej sprawie przechodzą w prawdziwe alarmy. Pamiętamy o charakterystycznych cechach tego morza, że łączność z Morzem Północnym przez płytkie i wąskie cieśniny duńskie jest utrudniona. Również pionowa wymiana wód nie jest łatwa na skutek charakterystycznej dwuwarstwowości spowodowanej różnicami słoności, a tym samym gęstości. Ze względu na otoczenie Bałtyku przez wysoko uprzemysłowione, gęsto zaludnione kraje, szczególnej uwagi nabiera doprowadzanie doń zanieczyszczeń, tym bardziej że ?naturalne” zanieczyszczenie już samo przez się powstaje w następstwie tzw. stagnacji wód, osłabienia wlewów wód słonych, co zaznacza się zmniejszeniem zawartości tlenu w wodach przydennych oraz zwiększoną zawartością H2S na głębiach. Stan taki, który obserwujemy w ostatnich latach, w pewnym stopniu istotnie alarmowy, zaleca szczególną czujność na zanieczyszczenia pochodzące z odpadów przemysłowej aktywności człowieka, których istnieje kilka typów: zanieczyszczenie ciężkimi metalami z przemysłu drzewnego i papierniczego, substancjami ropopochodnymi, z zakładów przemysłu chemicznych oraz statków o napędzie ropnym, pestycydami jako ściekami rolniczymi wnoszonymi głównie wodami lądowymi.